所有患者无论性别和年龄，都必须被送入隔离中心。
强制性的预防措施引发了暴动，原本就惊恐不安的莫斯科市民开始认为正是医生和那些药剂给莫斯科带来了疫病，人们开始拒绝服从不得在市场和教堂等地聚集，以及不得亲吻据说能够带来平安的神像之类的禁令。
相反，大家聚集在神像周围，以求得安慰或得救。
坐落在瓦瓦斯基城门的童贞玛丽亚塑像彻底变成了一块磁石。
日复一日越来越多的患者匍匐在这尊塑像的脚下，使这里变成了莫斯科真正的疫情扩散中心。
医生们都十分清楚这种状况，但是没有人有胆量插手干预。
莫斯科的大主教安布罗斯神父受过启蒙思想的熏陶，看到医生们对眼前的局面束手无策后，为了不让人们继续聚集在一起，从而减少感染的几率，安布罗斯神父仰仗着自己作为神父的权威，在夜色的掩护下悄悄地转移了瓦瓦斯基城门口的圣母像。
他相信一旦得知此事为神父所为大家必然会各回各家，疫情中心自然也就消失了。
结果，神父的一片苦心却招惹来一场骚乱。
人群并没有散去，民众被激怒了。
神父逃进了一所修道院，躲藏在一个地窖里，暴民尾随而至，将神父从地窖里拽了出来，将其碎尸万段。
在军队的镇压下暴动终于结束了，其中100人毙命，300人遭到逮捕。
叶卡捷琳娜意识到莫斯科及全城百姓已经失去了控制，贵族纷纷弃城而去，逃往乡下的别墅，工厂和店铺陆续关闭，工人、农奴和城镇农民跟一窝窝的老鼠住在拥挤的木屋里，老鼠的身上寄生着大量携带有病菌的跳蚤，这些人只能听天由命。
9月末，女皇收到莫斯科总督发来的报告，72岁的彼得·萨尔蒂科夫将军在报告中称日均死亡人数已经超过了800人，他也无能为力了，局势完全失控了。
将军请求女皇恩准他暂时离开莫斯科，入冬后再返回城里。
节节攀升的死亡率、安布罗斯神父的惨死和萨尔蒂科夫将军的擅离职守令叶卡捷琳娜大为震惊，面对这种比天花更恐怖的疾病，她陷入了前所未有的艰难局面。
正在这时，一个人挺身而出了，主动请求女皇准许他前往莫斯科，制止疫情的扩散，恢复正常的秩序。
这是这个人谋求的挑战，经过多年的赋闲生活后他需要恢复对自己的认可。
女皇接受了这个请求。
奥尔洛夫总是渴望能有所作为，看着自己的弟弟阿列克谢与其他军官在陆战和海战中不断取得胜利，备受赞誉，困顿于圣彼得堡的他倍感沮丧。
叶卡捷琳娜下令让奥尔洛夫全权负责莫斯科的事务，奥尔洛夫就召集起一批医生、军官与行政官员，在9月21日率队连夜赶往了莫斯科，随后立即接管了灾区的工作。
面对着每日六七百人的死亡率他不断地征求着医生们的意见，同时动用武力对市民进行镇压。
不仅强制措施取得了成效，而且在行动过程中奥尔洛夫陪同医生一起来到病人的床前，亲自监督药品的发放工作。
在他的指导下民宅里和大街上腐烂的尸体被清除了。
他还向农奴承诺凡主动在医院帮忙就可获得自由民的身份，同时还开办了孤儿院、开仓放粮，发放救济金。
在两个半月的时间里他花费10万卢布为幸存者购置食物和衣物，修建收容所，焚毁死者的衣物和3000多所年代久远的木屋，并恢复了曾引发过多起骚乱事件的强制性隔离措施。
奥尔洛夫几乎无休无眠，他的敬业精神、大无畏的态度和付出的心血激励着其他人。
9月累计死亡人数曾高达2.1万人，到了10月这个数字降到了 月为月为805人，死亡人数的逐步减少在一定程度上得益于奥尔洛夫采取的措施得力，同时寒冬的到来也起到了一定的作用。
莫斯科情况的缓解，再加上即将到来的冬季带给人的希望让叶卡捷琳娜熬过了这段日子，此前她一度担心疫情将会向西北方向的圣彼得堡继续扩散。
在普斯科夫和诺夫哥罗德就已经爆发了疑似为腺鼠疫的疫情，坐落在涅瓦河畔的新都也采取了各种预防措施，进城的各条道路都设置了检查站、处理邮件时工作人员也格外谨慎、对死者进行尸检也成为强制性规定。
叶卡捷琳娜唯恐国内外的报道和小道消息会对俄国造成不良影响，一开始她还试图压制对大规模死亡、民众的恐慌情绪和暴力事件的报道。
当疫情发展到高峰期时，为了对付类似政府将活埋病患之类更具有煽动性的传言，她准许政府发布了一份有关莫斯科暴乱事件的官方报告，各国报纸纷纷转载了这份报告。
灾情令叶卡捷琳娜感到沮丧，在给伏尔泰的信中她提到安布罗斯神父的身亡：
“着名的18世纪可有的吹嘘了，瞧瞧咱们都发展到了何种地步？”
在给前****会主席亚历山大·比比科夫将军的信中她又写道：
“我们已经在这种境况中煎熬了一个月，30年前彼得大帝也曾经过这一切。当年他披荆斩棘，走出困境，而今我们也要光荣地战胜困难。”
月中旬，疫情缓和了，叶卡捷琳娜准许人民举行集体感恩祷告。
奥尔洛夫在12月4日返回圣彼得堡，一时间荣誉加身，风光无限。
他获得了一枚纯金奖章，奖章的一面铸有罗马神话中的一位英雄，另一面则是奥尔洛夫的肖像和“俄国英雄也辈出”的铭文。
她还命人在皇村的花园里打造起一座象征凯旋的拱门，门框上的装饰铭文写着“献给救莫斯科于瘟疫的大救星”。
随后为了防止疫情的再次爆发，在接下来的两年里俄国南部边境一带都坚持着隔离措施，直到1774年和奥斯曼爆发战争后隔离措施才被取消。
尽管离历史中天花和黑死病爆发的时间还早，但这里的环境唤醒了彼得对卫生和建造医院的意识。
有他在，奥尔洛夫自然可以尽情地去打仗了。
而就他所知，第一所医院是在1763年开办的，用来培养俄国自己的内外科医生和药剂师。
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