如果大理寺对初审结果不同意，则需要交由皇帝裁决，或者将案件发回原处再行审理。
三法司的流程大致是这个，但在每一个时期具体流程会有一些变化，三法司的职权大小也会发生变化，有时候初审与终审都是都察院的，其他二位沦为摆设，有时候则是刑部居上，其他作为陪衬，具体都是按照当时皇帝的具体意志。
像大清律基本承袭大明律，明明是部条文法律，但在具体操作的时候，搞成了案例法律。
每条罪状都是以皇帝以往的判决结果作为法律解释。活生生从大陆法系搞成了海洋法系（注：胡祥雨《清承明制与清初三法司审判权格局的变迁》）
可见在封建王朝，皇帝真正的做到了言出法随。
说到清初，刑部则占据了三法司的绝对主导，垄断了审判权。眼下大理寺卿作为正三品官员，有没多少实权，不是太显眼，董亮正好先占据这个位置，然后再把审判权转移过来。
董亮此刻最想的是复刻魏忠贤的路线，搞个东厂，皇权特许，想抓谁抓谁，想定什么罪定什么罪。
于是董亮又想到了粘杆处，作为清朝的情报结构，在历史上完全没有存在感。官方名字叫尚虞备用处，负责护卫皇帝的出巡与娱乐，在顺治朝真的只是负责出巡与娱乐，具备特务机构性质是康熙朝的事情，作为热爱江南的皇帝，几次出巡让粘杆处的权力极剧扩大，拥有了特务机构的性质。
而粘杆处的管理大臣无定品、无定员，董亮顺势要了，不会引起太多关注，现在也还没谁能从这里联想到东厂。
董亮觉得悄无声息的先把草台班子搭起来。
于是第二封旨意便下达了。
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