之后，今川了俊被免去探题一职，召回京都，涉川满赖接替了他担任探题。菊池武朝对此进行了抵抗，应永五年(1398年)，武朝终于归服幕府，九州的南北朝之争也宣告结束。武朝得到肥后守护，暂时保持了势力，不久，与少弐氏、大友氏联手支援探题涉川氏的大内氏抗争。武朝于应永十四年去世，嫡子兼朝继承家督之位。
兼朝也与大内氏(探题涉川氏)对立，与少弐氏联合，屡次出兵筑前和丰前与大内氏战斗。然后，永享三年(1431)，把家督之位让给嫡子持朝后隐居。持直与兼朝不同，持幕府方面的立场，与大内氏联合起来对抗少弐氏。持朝逼迫得到父亲兼朝支持的弟弟忠亲自杀，加强对一族庶家的控制，努力强化惣领的权势。
到了继承持朝的为邦一代，又被补任为筑后的守护，但由于以相良氏为首的国人众的崛起，筑后守护也被大内氏夺去。而且一族发生内讧等，在控制一族、国众方面吃了不少苦头。另一方面，进行朝鲜贸易等对外贸易繁荣起来，但从为邦时期开始菊池氏显现出衰退。
文明十三年(1481)，菊池重朝的《万句连歌发句》在居住在隈府城·隈部馆举行。肥后北部七郡的武士们参加了这次活动。举办“万句连歌发句”时，京都正爆发应仁之乱的战争，天下逐渐向战国时代过渡。这一年，重朝的叔父宇土为光为了担任守护而背叛了重朝。相良为续也加入其中，引发了一场混战，重朝驱逐了为光。之后，重朝介入阿苏氏的内讧，文明十七年在幕之平战败，菊池宗家的权威显着下降。
明应二年(1493)，重朝去世，由年仅十二岁的武运(能运)继承家业。轻视能运年轻的重臣隈部氏，与相良氏联手谋反，被武运镇压，但是，家中的动摇仍在持续，文龟元年(1501)，为光趁武运出城之机，攻陷了隈府城。武运以肥后、筑后之兵迫近隈府城，在玉祥寺原与宇土军激战。菊池方虽然奋战，但以菊池武安为首，黑木为实、西牟田重家等勇将、猛卒等数百人战死。逃到玉名的武运，为了东山再起，投靠了有马家。
在有马家庇护下，因为武运之名与“不幸”有关，所以改名为能运。
也许是改名奏效了，文龟三年，在城氏、有马氏等人的支援下，能连得到了相良长每的协助，率领岛原的援军在玉名登陆。为光闻讯，率兵前往高濑与能连战斗。
激战过后，能连方胜利，并乘胜攻击逃到宇土城的为光，终于逼其自尽。于是，能连虽然重返隈部城，但因高濑之战的战伤未愈，在二十五岁时去世。
之后，菊池氏在能连的遗言下，从一族中聘请政隆(政朝)为守护职。
看到菊池氏衰退的阿苏大宫司惟长希望担任肥后守护一职，于是与丰后的大友义长联手动摇菊池氏的家臣团。城、赤星、隈部氏等二十二名菊池氏家臣，于永正二年(1505)，提出了排斥担任守护职的菊池政隆，迎请惟长担任守护的起请文。
虽如此，但是也有家臣支持政隆，惟长在大友义长的支持下进攻肥后，将政隆赶出隈府城。就这样，阿苏惟长进入隈府城，以菊池武经为名就任肥后守护一职。
不久，武经明白了守护不过是大友氏的傀儡，逐渐自暴自弃，表现出傲慢的态度，家臣们也开始疏远武经。武经厌倦了大友氏的压迫，以及家臣团下克上的倾向，终于在永正八年逃离隈府城回到矢部。武经离去后，菊池氏的重臣们立即将菊池一族的武包迎为新守护。菊池氏的家督和肥后守护一职，早就控制在大友氏手中和菊池家臣们手中。
永正十五年(1518)，继承大友氏的义鉴逼迫菊池氏重臣驱逐武包，同年，弟弟重治（菊池义武）进入菊池担任肥后守护。重治进入隈府城后，不久得到鹿子木亲员、田岛一族的支持，在隈本城落脚。这也是因为重治讨厌菊池家的实力派人物隈部、赤星、城氏等人的结果。于是，成为肥后守护的重治，逐渐开始有了从大友宗家自立的迹象。
但是，菊池氏的重臣们不同意义武，被逼到走投无路的义武投靠肥前的有马氏，从肥后逃离。
肥后守护一职由义鉴补任，但此后义武仍倚赖相良氏和岛津氏，与义鉴持续对立，并策划回归隈府。天有不测风云，天文十九年(1547)，义鉴在二阶崩坏之变中横死，义武在鹿子木氏、田岛氏等人的协助下重返隈府城。另一方面，继承义鉴的义镇治理了家中的混乱局面，得到了城氏、小代氏等人的支持，向肥后发动进攻，第二年就占领了肥后的中北部地区，将义武赶出了隈本城。
义武投靠相良晴广，但义镇说服相良氏将义武召到丰后，天文二十三年(1544)，在途中将其杀害。至此，菊池氏可以说是名符其实地灭亡了。
关于菊池，是作者最喜欢的一家，尤其是南北朝时的菊池武光，所以这里科普多了一点，见谅。
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