观赛时，史莱克学院察觉到了被圣灵教邪化，并失去神志的戴华斌、朱露、戴钥衡、唐雅。
决赛前夕，在和菜头的通风报信下，陈默一行人察觉到日月帝国的阴谋，决定将计就计，借决赛前的休赛时间，开始救援被日月帝国囚禁的各大宗门成员。
遇到失踪已久的唐雅，陈默和霍雨浩在伊莱克斯的帮助下，暂时让唐雅恢复了神志，协助救人。
陈默和霍雨浩折返营救被圣灵教三长老独自囚禁的南秋秋、南水水，遭遇埋伏，陈默和霍雨浩联手不敌，危急关头，蝎虎斗罗张鹏出手，认霍雨浩为真正的圣灵教圣子，逼退三长老，带领陈默一行人逃离，返回史莱克学院。
在蝎虎斗罗张鹏的启发之下，霍雨浩尝试用亡灵魔法对邪魂师进行净化，张鹏因此得到加强，霍雨浩和陈默也掌握了净化邪恶武魂的方法，并且对外公布：一切出生便是邪恶武魂的魂师，可以前往史莱克城接受净化。
由此，邪魂师的数量大大减少。
之后，霍雨浩决定单独外出历练，前往星罗帝国参军，路途中收获第六魂环和八角玄冰魂灵。
日月帝国入侵前夕，圣灵教设计通过戴华斌和戴钥衡伏杀白虎公爵，白虎公爵重伤但是被参军的霍雨浩及时察觉并救出。
霍雨浩回到史莱克，日月帝国大举入侵。
日月帝国以闪电般速度绕过明斗山脉，前后夹击将明斗山脉与星罗帝国截断，明斗山脉被突破，白虎公爵重伤逃出。（此前，陈默已经提醒过星罗帝国，不能用常规思路去研究日月帝国的进攻方式，要小心日月帝国通过魂导器进行绕背偷袭，但是并未得到重视）
与此同时，天魂帝国边境也被日月帝国魂导师团突破。
霍雨浩外出进行极限单兵计划，开始在敌后进行骚扰，陈默、和菜头则在史莱克学院和日月帝国内部蓄势待发。
在此期间，霍雨浩深入被日月帝国侵占的星罗帝国和天魂帝国国土，于敌后进行骚扰和针对性打击。
在极北之地，霍雨浩被橘子取走精子，醒来之后的霍雨浩连同极北之地的魂兽一同抗击凤凰魂导师团。
同时，贝贝为了寻找被圣灵教尊称为圣女的唐雅，决定孤身一人寻找圣灵教。
陈默决定随行，在前往已经被日月帝国侵占天斗城之时，与邪魂师发生冲突，同时通过撬开邪魂师的嘴，得知了圣灵教为了收集战死的灵魂，已经在天魂帝国建立圣灵教基地。
陈默和贝贝联手闯入圣灵教的基地，通过旅途之门强行将唐雅抢回，同时在圣灵教基地，陈默从圣灵教高层的口中得知了“魔皇”的存在。
回到学院后，庄老感知到唐雅的寿命将近，而天魂帝国和星罗帝国已经被日月帝国占据所有领土，宣告灭国。
此前，逃往史莱克城的天魂高层和星罗高层与史莱克海神阁商议之下决定各方派出高手前往日月帝国刺杀日月帝国皇帝徐天然。
分析出计划真相的陈默和霍雨浩急忙前往日月帝国，却发现为时已晚，本体宗主毒不死自爆而死，本体宗宗主毒不死死前将本体宗宗主之位传给霍晴空。
小队其他成员绑架太子徐云涵（霍雨浩儿子），陈默怒斥刺杀小队成员没脑子，绑了人家太子只会让其疯狂，根本无法威胁到徐天然的统治，反而只会让徐天然以“太子被三大帝国余孽绑架”为由，推动日月帝国继续疯狂进攻三大帝国的残存势力。
局势慌乱之际，见众人商量不出对策，陈默一把将孩子抱过，并且交由霍雨浩送回。
送回徐云涵后，霍雨浩继续外出历练，陈默则回到史莱克学院，继续进行军用魂导器的研发。
日月帝国魂导师团潜入斗灵帝国，趁王家盛宴之时刺杀所有王室成员，斗灵皇室覆灭，收到消息的霍雨浩迅速返回史莱克学院，和陈默一同带领新建的史莱克魂导第一师团前往斗灵帝国。
陈默带队击败日月帝国皇龙魂导师团，击毙皇龙魂导师团师团长徐天元。
皇龙魂导师团的覆灭，是日月帝国发动战争以来，第一次被成建制摧毁的师团，由此，陈默和霍雨浩的“史莱克双璧”之名大振。
徐三石在其拥有皇族血统的母亲帮助之下，接任斗灵帝国皇帝，下令听从陈默的决定，全力帮助史莱克学院。
因为陈默早年联合史莱克学院大力推广民用魂导器，所以日月帝国元帅橘子发现自己的攻心之计并不适合在斗罗大陆上使用。
同时，因为橘子的资历极浅，并且“平民皇后”的身份也不能服众，仍有部分日月帝国的将领在见到橘子的攻心之计无效之后，开始了对被占据领土的掠夺，甚至发生屠城事件。
贼过如梳，兵过如篦，旧时官兵害民比盗贼更甚，看着这满目疮痍，橘子也彻底对日月帝国失望。
为摧毁民心所向的史莱克学院，日月帝国包围史莱克，欲摧之，却不料这一切都在陈默的计划之中。
日月帝国包围史莱克之际，天魂帝国和白虎公爵带领残存的精兵，本体宗则在宗主霍晴空和少宗主霍雨浩的号召之下，联合史莱克海神阁和魂导师团发起反击。
同时，一直潜藏于日月帝国的和菜头宣布揭竿而起，带领其这些年笼络的势力开始从日月帝国军团的后方发起反击。
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